规划还提到，推动高等教育自强卓越、协同创新发展。鼓励市属高校积极参与“双高协同”发展，结合城市产业发展方向优化学科设置，建立跨学科、跨专业、跨年级的校企联合创新创业教育实训平台、创新创业示范基地、科技创业实习基地，推进“卓越人才培养计划”。

南京晓庄学院是由江苏省和南京市共建、南京市属全日制公办普通本科院校。学校前身是伟大的人民教育家陶行知先生1927年创办的“晓庄试验乡村师范”，是我国乡村师范教育发祥地，是近代中国教育家精神策源地。1951年，经周恩来总理批准，南京晓庄师范学校复校。2000年，南京市晓庄师范学校和南京师范专科学校、南京教育学院合并建立南京晓庄学院。2014年，南京幼儿高等师范学校并入。2024年，学校获批硕士学位授予单位。

学校现有方山、莫愁和晓庄（行知园）三个校区，占地总面积近1500亩，其中方山校区为主校区，莫愁校区为服务区域经济社会发展主承载区，晓庄校区（行知园）是陶行知先生当年办学原址的核心区域、生活教育理论发源地和实践地。学校共设有15个专业学院，覆盖教育学、文学、历史学、经济学、法学、理学、工学、管理学、艺术学等九大学科门类。学校现有45个本科招生专业，教育、电子信息、资源与环境3个专业硕士学位授权点，全日制在校本科生1.8万余人，全日制研究生、联合培养博士硕士研究生近200人。

金陵科技学院是一所以培养高素质应用型人才为任务的公办全日制普通本科院校，是教育部应用科技大学改革试点战略研究单位、中国应用技术大学（学院）联盟创始单位、长三角地区应用型本科高校联盟主席单位、江苏省一流应用型本科高校建设单位。2021年获批为硕士学位授予单位，2025年获批为江苏省博士学位授予立项建设单位。

学校前身是1980年成立的新中国第一所全日制城市职业大学——金陵职业大学和1958年成立、1984年复建的南京市农业专科学校。2002年6月经教育部和省市政府批准，两校合并筹建金陵科技学院，2005年3月正式成立。

现有11个专业硕士学位授权点。开设涉及经济学、文学、工学、农学、管理学、艺术学、理学等七大学科门类的63个本科招生专业，城乡规划学、软件工程、园艺学、工商管理、设计学为“省重点学科”，应用经济学、计算机科学与技术等15个学科为“市重点学科”（含2个培育学科）。软件工程、服装与服饰设计、会计学、旅游管理、建筑电气与智能化、动画、计算机科学与技术、环境设计等8个专业为国家级一流本科专业建设点，材料科学与工程、电子信息工程、动物医学、古典文献学等15个专业为省级一流本科专业建设点。材料科学与工程、建筑学为省级卓越工程师教育培养计划2.0专业建设点。会计学、旅游管理、软件工程、服装与服饰设计、动画、建筑电气与智能化等6个专业为省产教融合型品牌专业建设点培育点。软件工程、信息安全、会计学、动画等9个专业为省级品牌建设工程项目。